亦庄镇第二中心小学原名鹿圈中心小学，其前身是鹿圈小学，始建于清末光绪十六年（公元1890年），当时还只是私塾，不久有附近的有钱人给学校捐助了二百亩土地作为义学地（土地由当地农民管理耕种，给学校纳租，供学校各项开支只需。）又由于本村和邻村的有钱人相继解囊，村民们也都集了资，这样农民子弟就可免费入学了，不仅本村儿童可以入学，附近村庄的孩子也可以就读，鹿圈义学的学制是六年，分初小四年，高小二年，是所完全小学，在当时大兴县农村小学中是独一无二的。鹿圈义学1931年以前是私塾，教授四书五经、珠算和书法，1931年始为公学，以当时市里公学的教材为课本。

 

 

解放以后，由于人口的增加，学生日益增多，原有校舍不能满足需要，在土改运动中和“文革”期间对学校进行了扩建和翻建；在二十世纪八十年代初又拆了平方改建成楼房，改善了学校的办学条件，在当时大兴县的农村小学中也是独一无二的。

1992年由于鹿圈中心小学处于鹿圈的中心地带，周围都是老百姓的住宅，进行再次扩建十分困难，当时的乡政府决定将西五号村北的西五号中学合并至鹿圈中学，将鹿圈中心小学下属的常庄子小学和西五号小学合并至西五号中学校舍处，并再次征地对学校进行扩建，将此处作为新的鹿圈中心小学，鹿圈小学成为其下属完小。

2000年鹿圈乡与亦庄乡合并为亦庄镇，鹿圈中心小学更名为亦庄镇第二中心小学。

2003年1月由于北京经济技术开发区建设的需要，亦庄镇第二中心小学从原址搬出，搬至亦庄镇第一中心小学的旧教学楼内办公。

2006年1月北京经济技术开发区将新建成的学校交付使用，亦庄镇政府给予了大量的资金支持，建成了校园环境优雅整洁、教育教学设施先进完备的现代化学校。